Entre los criterios que deben cumplir los estados se encuentran lograr la interrupción de la transmisión autóctona durante tres años consecutivos, contar con un sistema de vigilancia epidemiológica con capacidad para la detección, diagnóstico, tratamiento e investigación de casos, y conformar un Grupo Técnico Estatal de Paludismo integrado por responsables de atención médica, epidemiología, laboratorio estatal de salud pública y promoción de la salud. Las entidades también deberán aprobar la evaluación de un grupo técnico externo, seleccionado entre estados de la misma región geográfica.

Según cifras del Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica citadas en el documento, México registró entre 2018 y 2025 una reducción mayor a 79% en la incidencia de casos autóctonos de paludismo, con una disminución sostenida de 37% en promedio cada año desde 2019. El número de localidades con transmisión activa pasó de 270 en 2018 a 62 en 2025. Actualmente, 31 de las 32 entidades federativas no registran transmisión activa, y solo 0.48% de los municipios del país mantiene transmisión en áreas focalizadas.

El acuerdo deja sin efecto la normativa previa sobre certificación de áreas geográficas libres de paludismo, vigente desde 2004 y 2006. La nueva disposición sustituye ese esquema, que permitía certificaciones parciales por localidad o jurisdicción, por un modelo alineado con la Estrategia Técnica Mundial contra la Malaria 2016-2030 de la OMS, que promueve la certificación de países completos y no de áreas de manera fragmentada.